In Erwartung des Kriegsausbruchs mit Mexiko rebellieren amerikanische Siedler in Kalifornien gegen die mexikanische Regierung und proklamieren die kurzlebige kalifornische Republik.
Die politische Situation in Kalifornien war 1846 angespannt. Obwohl Kalifornien nominell von Mexiko kontrolliert wurde, lebten in Kalifornien nur relativ wenige mexikanische Siedler. Ehemalige US-Bürger machten den größten Teil der kalifornischen Bevölkerung aus, und ihre Zahl nahm rasch zu. Mexikanische Führer befürchteten, dass viele amerikanische Siedler nicht wirklich daran interessiert waren, mexikanische Untertanen zu werden, und drängten bald auf die Annexion Kaliforniens an die Vereinigten Staaten. Die Amerikaner ihrerseits misstrauten ihren mexikanischen Führern. Als in Kalifornien Gerüchte über einen bevorstehenden Krieg zwischen den USA und Mexiko aufkamen, befürchteten viele Amerikaner, die Mexikaner könnten einen Präventivangriff zur Verhinderung von Rebellionen durchführen.
Im Frühjahr 1846 kam der amerikanische Offizier und Entdecker John C. Fremont mit einer kleinen Truppe Soldaten in Sutters Fort (nahe dem heutigen Sacramento) an. Ob Fremont speziell angewiesen wurde, einen amerikanischen Aufstand zu fördern, ist unklar. Angeblich waren Fremont und seine Männer ausschließlich zu wissenschaftlichen Zwecken in der Gegend. Der dreiste junge Offizier überredete jedoch eine bunte Mischung aus amerikanischen Siedlern und Abenteurern, Milizen zu bilden und sich auf einen Aufstand gegen Mexiko vorzubereiten.
Ermutigt durch Fremonts Ermutigung marschierte an diesem Tag im Jahr 1846 eine Gruppe von 33 Amerikanern unter der Führung von Ezekiel Merritt und William Ide in den weitgehend wehrlosen mexikanischen Außenposten von Sonoma nördlich von San Francisco ein. Fremont und seine Soldaten nahmen nicht teil, obwohl er den Angriff stillschweigend genehmigt hatte. Merritt und seine Männer umzingelten das Haus des pensionierten mexikanischen Generals Mariano Vallejo und teilten ihm mit, dass er ein Kriegsgefangener sei. Vallejo, der eigentlich ein starker Befürworter der amerikanischen Annexion war, war mehr verwirrt als alarmiert von den Rebellen. Er lud Merritt und einige andere Männer zu sich nach Hause ein, um über die Situation bei Brandy zu diskutieren. Nachdem mehrere Stunden vergangen waren, ging Ide hinein und verwöhnte das, was sich in ein angenehmes Gespräch verwandelt hatte, indem er Vallejo und seine Familie festnahm.
Nachdem Merritt und Ide in Sonoma einen unblutigen Sieg errungen hatten, erklärten sie Kalifornien zur unabhängigen Republik. Mit einem Baumwolltuch und etwas roter Farbe konstruierten sie eine provisorische Flagge mit einer groben Zeichnung eines Grizzlybären, einem einsamen roten Stern (ein Hinweis auf die frühere Lone Star Republic of Texas) und den Worten „California Republic“ am unteren Rand . Von da an war die Unabhängigkeitsbewegung als Bärenfahnenrevolte bekannt.
Nachdem die Rebellen einige kleinere Gefechte mit mexikanischen Streitkräften gewonnen hatten, übernahm Fremont offiziell das Kommando über die „Bear Flaggers“ und besetzte am 1. Juli das unbewachte Presidio von San Francisco. Sechs Tage später erfuhr Fremont, dass amerikanische Streitkräfte unter Commodore John D. Sloat das hatten nahm Monterey kampflos und hisste offiziell die amerikanische Flagge über Kalifornien. Da das ultimative Ziel der Bear Flaggers darin bestand, Kalifornien in die USA einzubeziehen, sahen sie kaum einen Grund, ihre „Regierung“ zu erhalten. Drei Wochen nach ihrer Verkündigung verschwand die kalifornische Republik leise. Ironischerweise erwies sich die Bärenflagge selbst als weitaus dauerhafter als die von ihr vertretene Republik: Sie wurde zur offiziellen Staatsflagge, als Kalifornien 1850 der Gewerkschaft beitrat.
