Der konföderierte General Thomas "Stonewall" Jackson erobert Harpers Ferry, Virginia (heutiges West Virginia), und etwa 12.000 Unionssoldaten, während die Armee von General Robert E. Lee nach Norden nach Maryland zieht.
Die Bundesgarnison in Harpers Ferry war nach Lees Invasion in Maryland im September einem konföderierten Angriff ausgesetzt. Die strategische Stadt am Potomac war vom Rest der Unionsarmee abgeschnitten. General George B. McClellan, Befehlshaber der Potomac-Armee, sandte s an Union General Dixon Miles, Befehlshaber der Harpers-Ferry-Garnison, um die Stadt unter allen Umständen zu halten. McClellan versprach zu helfen, musste sich aber mit dem Rest der konföderierten Armee auseinandersetzen.
Jackson rollte seine Artillerie zusammen und begann am 14. September mit dem Beschuss der Stadt. Die Munition der Yankees war knapp, und Miles leistete wenig Widerstand, bevor er sich am Morgen des 15. September zur Kapitulation bereit erklärte. Als Miles Hilfe fuhr General Julius White zu Jackson, um Übergabebedingungen auszuhandeln, fuhr eine konföderierte Kanone fort zu schießen. Miles wurde beim letzten Schuss auf Harpers Ferry tödlich verwundet.
Die Yankees gaben 73 Artilleriegeschütze, 13.000 Gewehre und 12.000 Mann bei Harpers Ferry ab. Es war die größte einzelne Kapitulation der Union des Krieges.
Der Sturz von Harpers Ferry überzeugte Lee, seine Pläne zu ändern. Nachdem Lee am 14. September in Maryland in der Schlacht von South Mountain nordöstlich von Harpers Ferry schwere Verluste erlitten hatte, hatte er vorgehabt, seine verstreuten Truppen zu sammeln und nach Virginia zurückzukehren. Nun, da Harpers Ferry gesichert war, rief er Jackson dazu auf, sich dem Rest seiner Truppe in Sharpsburg, Maryland, anzuschließen. Zwei Tage später, am 17. September, nahmen Lee und McClellan an der Schlacht von Antietam teil.